来自荷兰癌症研究所常规肿瘤实践的真实世界证据表明，对实体瘤患者进行常规全基因组测序是可行的，并能产生显著的临床影响。与在同一综合癌症中心进行的早期实施研究相比，检测成功率从70%提高到89%，中位周转时间从11个工作日减少到6个工作日，现已与基于panel的下一代测序相当。

WGS相对于panelNGS的优势

作者在背景中写道，高通量测序技术已解决了许多序贯单生物标志物检测的挑战，国际指南现已推荐对许多晚期癌症进行基于panel的NGS。然而，即使是广泛的NGSpanel也可能无法捕获复杂的基因组改变，并且由于监管和验证要求，纳入新的生物标志物进展缓慢。

与靶向NGSpanel不同，WGS可以在单一检测中全面捕获所有临床相关的改变，包括复杂结构变异、单外显子缺失、致病性胚系变异、同源重组缺陷以及新兴的肿瘤类型不可知的生物标志物。

临床验证研究已证明其高灵敏度和与标准诊断的一致性，并且在不同的患者群体中已显示出临床效用，包括儿童和年轻成人、罕见或转移性癌症患者以及血液系统恶性肿瘤患者。重要的是，WGS已显示出对原发灶不明癌症的附加价值，在荷兰，该适应症的报销已经实施。

实施挑战与荷兰癌症研究所的优化过程

尽管有这些优势，WGS在真实世界中的应用仍然参差不齐。大规模的国家级倡议，如英国的10万基因组计划，已经证明了大规模WGS的可行性。在荷兰，多学科研究联盟推动了实施，并通过在专业指南中定义需要检测的临床必需生物标志物，确保了针对特定肿瘤类型的报销，同时将检测策略的决定权留给医院。

这种基于指南的方法促进了WGS的更广泛采用，包括非小细胞肺癌的报销，并且随着越来越多的肿瘤类型不可知的生物标志物成为标准治疗的一部分，进一步推动了适应症的扩展。然而，广泛整合仍然受到挑战的限制，包括需要不受福尔马林固定石蜡包埋过程损伤的高质量输入材料、计算复杂性以及相比基于panel的测序更高的成本——尽管工作流程的调整可以缓解这些挑战并降低成本。此外，尽管基于panel的NGS的临床效用已在多种癌症类型中得到越来越多的证实，但WGS对患者层面结局的影响尚未得到系统评估。

荷兰癌症研究所2018年至2020年进行的一项早期实施研究，在1200名实体瘤患者中确立了WGS的可行性，报告了70%的成功率、11个工作日的周转时间，以及在71%的患者中发现了可采取行动的改变，其中近四分之一改变了治疗方案。基于这些结果，荷兰癌症研究所在2021年进一步改进和优化了病理学工作流程，成为该国第一家将WGS整合到转移性、罕见或预后不良癌症患者常规肿瘤实践中的医院。

真实世界数据：成功率、周转时间与临床效用

在最新发表于《自然·医学》的文章中，荷兰研究人员报告了WGS在整合到常规临床护理后的性能、可行性和临床效用，以及在其实施头两年内与生存结局的关联。来自888名患者的真实世界数据表明，WGS在89%的病例中成功，中位周转时间为6个工作日。在73%的患者中识别出潜在可采取行动的生物标志物，包括针对已报销疗法（27%）和实验性疗法（63%）的生物标志物。

在一年内，分别有40%和19%的患者开始了基于生物标志物的治疗，与未接受此类治疗的患者相比，其中位总生存期延长了31%（+96天）。在既往未接受过全身性治疗的患者中，基于生物标志物的治疗比非基于生物标志物的治疗或未接受全身性治疗产生了显著更长的OS。

在原发灶不明癌症中的应用与总体临床影响

在123名CUP患者中，WGS在67%的患者中有助于诊断解决方案或检测到生物标志物驱动的已报销治疗方案，其中68%的患者开始了肿瘤类型特异性治疗。在6.5%的患者中鉴定出临床相关的PGV。总体而言，基于WGS的诊断对41%的检测患者产生了临床后果，为实体瘤患者的常规临床实践提供了一个多功能工具。

结论与未来展望

作者总结道，来自常规肿瘤实践的真实世界数据证实了在研究环境中观察到的WGS的临床价值。WGS改善了当前患者的护理，并生成了优化未来患者护理所需的独特数据，强调了其作为精准肿瘤学基石的作用。更广泛的实施将取决于协调一致的政策和基础设施，以实现学习型医疗系统，其中基因组和临床数据不断链接和重用，从而使患者能够充分受益于这一变革性技术