1、皮肤红染及色素沉着：最常见，多在用药后2～4周出现，以6～12个月时最明显。开始皮肤呈淡红色，以后变为棕褐色至紫黑色，以暴露部位更加明显。另外眼结膜、尿液、痰、汗液均呈现红色。氯法齐明可通过胎盘和进入乳汁，使新生儿和乳儿皮肤染色。皮肤红染及色素沉着的程度与剂量、疗程成正比，停药后可逐渐消退。

2、皮肤干燥及鱼鳞病样改变：多在用药后2～3个月出现，以四肢伸侧(特别是下肢)最为明显，停药后3个月左右逐渐消退，外用润肤剂可减轻症状。

3、消化道反应：少数患者有恶心、呕吐、厌食、腹痛、便秘和腹泻等不良反应，一般均较轻微，不影响治疗，将氯法齐明改为进食时服用可减轻症状。腹痛严重者应停药。

4、其他：嗜睡、眩晕、失眠等。